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https://rinacional.tecnm.mx/jspui/handle/TecNM/10009| Title: | Desarrollo de modelos y métodos computacionales para la anotación genómica del locus de inmunoglobulinas en vertebrados |
| Authors: | Ortiz Hernández, Javier%217384 |
| Issue Date: | 2025-03-24 |
| Publisher: | Tecnológico Nacional de México |
| metadata.dc.publisher.tecnm: | Centro Nacional de Investigación y Desarrollo Tecnológico |
| Description: | En el Centro de Investigación Sobre Enfermedades Infecciosas (CISEI) del Instituto Nacional de Salud Pública (INSP), biólogos moleculares llevan a cabo el proceso de anotación de los genes de los segme tos Y (D) J de anticuerpos de diversas especies. La anotación consiste en a) identificar la ubicación d los genes y en b ) identificar su estructura y fw1cionalidad biológica. Por razones de alcance derivados la complejidad del problema, en este proyecto únican1ente se abordará la anotación del segmento V, en el entendido que la anotación requerida para los segmentos D y J es muy similar, y parte de los resuItados obtenidos del segmento V podrían ser extra palados para realizar la anotación de los segmento D y J. El proceso que realizan comienza con la búsqueda de la ubicación de los genes que integran el segmento V en el genoma, para lo cual se emplean técnicas de alineamiento de secuencias que les proporcionan a los biólogos moleculares aproximaciones de la ubicación de los diferentes genes Y. La anotación se realiza con el apoyo de diversas herramientas informáticas y de visualizadores del genoma. Sin embargo, el enorme espacio de búsqueda que se presenta para la anotación de un solo gen demanda w1a gran cantidad de recursos y de tiempo. Además del enorme espacio de búsqueda, otro desafío importante es conocer la estructura del gen. Los sistemas de alineamiento no son capaces de identificar simultáneamente toda la estructura del gen V. Esto implica que los expertos deben enfrentarse a la tarea de identificar diferentes partes del gen por separado, añadiendo dificultades al proceso de anotación. En el ámbito computacional,. el enfoque para abordar el problema del proceso de anotación se centra en dos aspectos fundamentales: la integración de os datos de entrada para realizar el análisis y la reducción del espacio de búsqueda. La integración de los datos de entrada es crucial debido al principio del alineamiento de secuencias, donde cada sistema detecta una sección específica del gen V. El desafío computacional radica en cómo representar los datos del alineamiento de secuencias para obtener un único conjunto de datos que represente de manera completa todos los genes V analizar. En este proyecto se busca Implementar un modelo de inteligencia artificial para reducir el espacio de búsqueda de los alineamientos de secuencias maximizando la identificación de genes V. |
| metadata.dc.type: | info:eu-repo/semantics/book |
| Appears in Collections: | Centro Nacional de Investigación y Desarrollo Tecnológico (Productos de Sabático) |
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